實(shí)驗(yàn)?zāi)康模?/strong>將全基因組DNA樣品進(jìn)行200-500bp區(qū)間的均一性片段化處理。 實(shí)驗(yàn)儀器及材料: 1.實(shí)驗(yàn)儀器:本次實(shí)驗(yàn)選用三款非接觸打斷儀器如下:小美超聲-高通量聲波基因組剪切儀、bioruptor-非接觸式超聲破碎儀、小美超聲-聚能式超聲波DNA打斷儀。 2.實(shí)驗(yàn)材料:核酸濃度為160 ng/μL的全基因組DNA溶液。 實(shí)驗(yàn)步驟: 1.提前15分鐘將三款儀器的冷水機(jī)啟動,設(shè)置溫度為4℃。 2.將每個愛思進(jìn)品牌的1.5 mL EP管加入100 μL 濃度為160 ng/μL的全基因組DNA溶液。
3.將2管裝好樣品的1.5 mL EP 管分別放入三款儀器的適配器當(dāng)中,其他空余的孔位由加同樣體積水的1.5 mL EP 管補(bǔ)齊。 4.程序設(shè)置:溫度4℃,超聲工作時間20s 間隔時間10s,總時長15分鐘和20分鐘,二個梯度對比。 5.程序結(jié)束后,取出樣品使用毛細(xì)管電泳進(jìn)行基因組片段化檢測。 實(shí)驗(yàn)結(jié)果: 1.小美超聲-高通量聲波基因組剪切儀 ①程序設(shè)置:溫度4℃,超聲工作時間20s 間隔時間10s,總時長15分鐘
平均片段大?。?10.0 bp
②程序設(shè)置:溫度4℃,超聲工作時間20s 間隔10s,總時長20分鐘 平均片段大小:300.1 bp
2.bioruptor-非接觸式超聲破碎儀
①程序設(shè)置:溫度4℃,超聲工作時間20s 間隔時間10s,總時長15分鐘
平均片段大?。?32.9 bp
②程序設(shè)置:溫度4℃,超聲工作時間20s 間隔時間10s,總時長20分鐘
平均片段大?。?05.8 bp
3.小美超聲-聚能式超聲波DNA打斷儀
平均片段大?。?65.5 bp
平均片段大小:388.1 bp
4.三款儀器實(shí)驗(yàn)結(jié)果匯總
注:當(dāng)基因組片段在200-500 bp區(qū)間占比越高,峰圖越平緩狀時,說明基因組片段的均一性更好,反之亦然。
在樣品、程序設(shè)定等條件相同的情況下,bioruptor的非接觸式超聲破碎儀和小美超聲的聚能式超聲波DNA打斷儀在200-500 bp區(qū)間占比分別達(dá)到58.3%和65.4%,且二者峰圖呈陡坡狀,表明基因組片段化均一性差。
小美超聲的高通量聲波基因組剪切儀在200-500 bp區(qū)間占比達(dá)到64.7%,峰圖呈平緩狀,表明基因組片段均一性更好。
分享文章: